Это произошло в 3:15 ночи 22 июня 1941 года. Севастополь оказался в числе первых городов, которые подверглись нападению немецкой авиации. Их целью было заминировать выходы из севастопольских бухт, а затем уничтожить флот бомбардировками. Если бы это случилось, всё черноморское побережье СССР осталось бы без защиты. Но немцам не удалось совершить задуманное.
Военно-морской флот был единственным видом Вооруженных сил СССР, на котором боевая готовность была объявлена еще до нападения.
Планы Гитлера на юге были следующими: захватить Кавказ с его запасами нефти, оттуда выйти к Ирану и попытаться захватить британскую Индию. Само собой разумеется, Черноморский флот был помехой в этом плане, именно поэтому с первых дней немцы бомбили флот и его главную базу - Севастополь. Захвату Севастополя Гитлер уделял особое место в своих планах из-за уникальных бухт города. Тем временем армия врага приближалась к Крыму сухопутным путем. Как и во время первой обороны Севастополя, сухопутной обороны просто не существовало, ее начали выстраивать только летом 1941 года. Возводились три линии укреплений — внешний, главный и тыловые оборонительные рубежи. На строительство работали все — от мала до велика, но внешний рубеж к началу осады города достроить так и не успели: на нём оборудовали лишь несколько ключевых позиций.

26 декабря 1941 года, после победы под Москвой, Красная армия попыталась освободить Крым и снять осаду Севастополя. Началась Керченско-Феодосийская десантная операция, в ходе которой Керченский полуостров действительно удалось освободить. На тот момент немцы уже начали подозревать, что их могут «зажать» с двух сторон и окружить. Поэтому еще 15 декабря Манштейн предпринял вторую попытку взять город у моря штурмом. На этот раз наступление началось со стороны Мекензиевых гор, то есть с севера. И этот штурм почти увенчался успехом, до Севастопольской бухты оставалось всего несколько сотен метров, но в последний момент с Кавказа успело прийти подкрепление, штурм удалось отбить.

Последний и решающий штурм Севастополя начался 7 июня 1942 года и продлился 2 недели. За это время немецкая амия потеряла 50 тысяч человек, Манштейн каждый день отправлял новых бойцов, а вот севастопольцев заменить было некем.
29 июня немцы прорвались в Севастопольскую бухту, и начались бои на улицах города. С этого момента защищать Севастополь стало невозможно, советская армия была практически разбита, горожан даже не могли эвакуировать из города. Если бы Красная армия попыталась вывезти людей, немецкая авиация сразу бы потопила советские корабли.
30 июня 1942 года И. В. Сталин отдал приказ оставить Севастополь. Однако приказ не был выполнен, и бои продолжались до 12 июля. Командование флотом и Приморской армией, включая И. Е. Петрова и Ф. С. Октябрьского, на последних самолетах и подводных лодках эвакуировалось на Кавказ. В Севастополе осталось около 100 тысяч бойцов, некоторые отстреливались до последнего, а после кончали с собой, некоторые пытались вплавь добраться до Кавказа.

Бои за освобождение Севастополя в 1944 году стали завершением масштабной Крымской операции Советской армии. Позади была уже не только победоносная Сталинградская битва, но и Битва при Курской дуге, завершившая коренной перелом в войне. После этого наши войска больше не видели поражений.
К немецким укреплениям, окружавшим Севастополь, советские войска вышли в конце апреля 1944 года. За два года фашисты укрепили подступы к городу очень серьезно. Длинный массив Сапун-горы, который прикрывает Севастополь с востока, они превратили в мощнейший оборонительный рубеж. Столь же мощные укрепления они возвели на Мекензиевых горах — северных подступах к Севастополю. Гитлер приказал удерживать Севастополь любой ценой, и гитлеровцы готовились стоять насмерть. Впрочем, у них не было выбора: Черноморский флот, который вновь возглавил адмирал Ф. С. Октябрьский, готов был потопить любой немецкий транспорт, выходящий из Севастополя.
5 мая 1944 года советские войска начали отвлекающее наступление на позиции фашистов в районе Мекензиевых гор. 7 мая, после массированной артподготовки, при мощнейшей поддержке с воздуха наша армия штурмом взяла Сапун-гору. 9 мая, ровно за год до Победы, освободители форсировали Севастопольскую бухту, и над городом взвилось победное знамя — советский военно-морской флаг.